1月，本报第三次扩版，从原来的对开16版扩至对开20版。
1月10日11时50分，河北省张家口地区发生6.2级地震，昔日的家园顿然成残垣断壁。本报派出摄影记者立即赶赴现场，经过2000余公里行程，于次日凌晨4时许抵达受灾最严重的张北县大河乡灾区。1月16日于《写真》版刊发摄影报道：《严寒下的张北震区》。
2月13日，本报刊登消息：本报《人与法》的名牌专栏《西窗法雨》尚在刊载期间，即有许多读者要求它能结集成书。花城出版社已出版此书，并发行全国。
3月7日，"南方周末’98消费者维权群英会"在广州举行。本报邀请的10名消费者维权代表是：王海、丘建东、韩成刚、李新荣、曾笑天、董泽文、吕英、赵宇、李宪坤、丁亮。特邀代表是：中消协秘书长杨竖坤，中国社科院经济所杨帆，深圳市罗湖区消委会杨剑昌，经济日报陶国峰。
3月13日，头版刊出《"刘秋海案件"再追踪》；第九版《人与法》刊出中国人民大学法学院副教授王欣新文章《评"刘秋海事件"》，并附有关新闻单位刊（编）发"刘秋海事件"材料目录。"刘秋海案件"再起波澜。
4月17日，第16版《阅读》推出"读大学"专版。5月4日是北京大学建校100周年纪念日，借此契机，本报编辑将大学作为本期的阅读对象，交流大学的功用，分析大学的现状，解剖大学史上的独特个案，希望人们关注大学，并由此获得打量大学的新眼光。
4月24日，本报推出全新四版《实验特刊》（第17至20版），四个专版分别为"消息"、"天下"、"浮世绘"、"成长"。试图用新的角度、新的方法看待周围的一切，同时，也是本报在未来调整或增设版面之前的一次实验。
5月18日，经中共中央宣传部、国家新闻出版署和中共广东省委批准，我国首家省级党委机关报报业集团——南方日报报业集团正式成立，在全国同类报纸中先行一步。本报作为集团成员面临发展新机遇。
5月29日，出版第2期《实验特刊》，各专版名称为"解密新闻"、"人物"、"专家视角"、"文字游戏"。
6月5日，出版"南方周末法国世界杯特刊"（共4版），分为"世界杯完全实用手册"、"历史上的世界杯"、"世界杯户口簿"和"世界杯自助餐"。此后连续6期出版"世界杯专版"，最后一期为《98世界杯完全纪念手册》。
6月12日，出版第3期《实验特刊》，辟有"周末消息"、"解密新闻"、"成长"、"健康"四个版。
6月19日，第13-16版刊出全新包装《生活双周》，内容有大玩家、家庭生活、医药与保健、时尚。
7月，本报增设南京分印点；原沈阳印点转至长春，辐射吉林、辽宁、黑龙江。至此，本报已在全国设立了十个印点，通过卫星传版，全部实现同步彩色印刷。
7月16日，中央电视台在《社会经纬》栏目里推出"秋海打官司"专题报道，本报跟踪报道（并因此成为被告）的"刘秋海案件"再次成为焦点。
8月，长江流域发生百年一遇的大洪水，这是1954年以来最大的一次全流域组合型洪水。本报派出多位记者奔赴抗洪第一线采访，8月14日第1至4版刊出特别报道《我们的勇气与抗争精神》，8月21日第1至4版刊出特别行动《同舟共济中流击水三千》。本报员工情系灾区，发扬友爱精神，为灾区人民捐款81450元。
9月25日，本报第18版刊登了"读者调查"结果。今年7月下旬，本报委托北京勺海市场调查有限公司在中国六大城市（北京、上海、广州、成都、武汉、西安）进行了一项《南方周末》零购读者的调查，本专版刊出的数据便是主要的调查结果，包括读者群分析、读者对《南方周末》内容的期望百分比、各版面阅读指数及排名等。
11月6日，全新试刊《新生活》闪亮登场，分为前（头版）、后（成长）、左（专栏）、右（专栏）四个版。
11月20日，"主编信箱"开张，首篇题为《试刊致读者》。主编告诉读者："若干旧版消失了，代之以若干新版，版式风格明显异于往常……"，主编还告诉读者："主编信箱是南方周末和读者交流的小小窗口。本报致力于做读者的好朋友……"。
12月18日，本报推出6个版的特别报道：《1978—1998纪念思想解放二十年》。头版《向后看是为了向前看》，第二版《1976—1978乍暖还寒的日子》，第十七版《万里与小岗》，第十八版《一剂必不可少的补药》，第十九版《于光远：我亲历的那次历史转折》，第二十版《作为一段历史的见证人——本报专访于光远》。
12月，本报以及新闻部、办公室均被评为南方日报社1998年度"文明建设先进单位"。
链接：刘秋海事件
《南方周末》（以下简称《南》）是我国目前最大的城市周报，深受海内外关注。就是这份颇有影响的报纸对"刘秋海事件"的报道历时5年，在2000年1月14日更不惜以5个版面的篇幅报道此事。这在《南》的历史上是罕见的。《南》还因对此事的报道而卷入了4起名誉侵权案。这一系列不平常的事件向我们展示了新闻单位在进行舆论监督时的尴尬处境。
刘秋海事件其实并不复杂：1995年3月12日，刘秋海一行三人将一受伤女子陈小俐（及其所骑摩托车）送到了北海市人民医院，留下600元钱后离开。一个多月后，刘秋海重到北海办事时，北海交警支队银海区交警大队民警林国兴，接到陈小俐亲戚的报案后认为，"刘秋海就是撞陈小俐的人"，并将刘秋海一行的车扣留。刘秋海是见义勇为还是交通肇事后逃跑？交警大队及该民警林国兴的扣车行为是否合法？围绕这两个关键问题展开了连环诉讼。
《南》记者经过初步调查，认为刘秋海是做好事而非交通肇事后逃跑，交警林国兴接到陈小俐亲戚的报案电话后，不出示证件就把刘秋海一行的车子扣留，是非法行政行为。然而《南》基于这一立场对刘秋海事件和相关案件的报道给《南》引来了4起名誉侵权案：
第一起陈崇明（曾用假名陈锡明）、陈小俐诉《南》名誉侵权案（1996年10月6日起诉。1999年11月19日北海市中级人民法院判处《南》败诉）
第二起陈小俐的姐夫刘小明诉《南》名誉侵权案（1996年10月23日起诉。1999年11月19日北海市中级人民法院判处《南》败诉）
第三起林国兴诉《南》名誉侵权案（1997年11月26日起诉。1999年11月19日北海市中级人民法院判处《南》败诉）
第四起北海交警支队诉《南》名誉侵权案（1997年12月27日起诉。1999年11月19日北海市中级人民法院判处《南》败诉）
2000年3月20、21、22、23日，广西高院开庭二审陈氏兄妹、刘小明、林国兴、交警支队诉《南》名誉侵权案。陈氏兄妹、刘小明诉案已维持原判，另两个尚未判决。
《南》涉讼后，加大了报道力度：前后共发表了十几篇报道、评论，并涉及《人民日报》、中央电视台、全国政协常委、专家、教授等。那么考察《南》涉讼的四起名誉侵权案，并以《南》从叙述者到当事人、事后评判者的身份转换为线索，以舆论监督与司法独立的关系为切入口，我们认为其中存在许多值得探讨的问题。
以上内容来自《新闻记者》
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